Para su funcionamiento, Comenius cuenta con una doble estructura: una técnica, integrada por un equipo de 12 personas, que se ocupa de la vida diaria de la organización, y los órganos de representación política y decisión, formados por la Asamblea General, el Consejo Rector y la Comisión Ejecutiva e integrados por las propias cooperativas asociadas a la Federación.